精灵宝可梦，简称宝可梦，这颗星球上非常非常不可思议的生物，在天空、大海、森林、街道之中到处都能看到它们的身影。持有不可思议吊坠的来自帕底亚的少女——莉可。持有神秘精灵球的来自关都的少年——罗伊。以广阔的宝可梦世界为舞台，莉可和罗伊的新冒险开始了！等待两人的相遇，还有命运是—！？这是一个通过冒险“找到”重要的东西的故事。
这次的故事从“声音”开始。高中生山吹有恓为了寻找初中时沉迷的电台主播而专注于声音。某天从学校广播中听到了确信是本人的声音。但是冲到广播室才发现有四个人在内，而且梦想也能对应上，为了找出真身告诉她自己的心意，有恓开始了行动。
这一天，三姐妹家来了一位从小岛上来的客人，一个与三妹年龄相仿的外国小男孩祖尔，还有一直奇怪但是满可爱的小动物，有一点象北欧神化里的龙，大概是他的宠物吧。小男孩带来一封信，邀请三姐妹到太平洋上印尼附近的一个岛国巴鲁去，因为所有的花费都不用她们出，于是三姐妹和祖尔一起踏上了往遥远南方小岛的征途。谁知到了那里，才知道巴鲁是一个很小的岛岛上，岛上的居民还过着相当落后的生活。他们的大哥旅行到了岛上，被岛上的神“里奥兰卡”选为了国王，可是前不久独自出海后就再没有回来，现在兰卡要在三姐妹中选出一个新的王，而且兰卡会跟随着王，无论到哪里。三姐妹当然不相信这么离奇的话，可是当她们被带到一个古老的遗迹前时，小岛之神里奥兰卡巨大的身躯从地底冒了出来，三姐妹不得不相信眼前的现实。之后三姐妹又回到了日本，随后兰卡就从小岛上消失了。于是就发生了一开始兰卡大闹东京的一幕。 经过一场风波，日本政府决定把海原家划为巴鲁国的大使馆，兰卡作为国王的私有财产受到法律的保护，三姐妹的生活从此不再平静，更另人担心的是隐隐之中一个叫“虚神会”的神秘组织好象在幕后搞着什么阴谋。
突然出现的“鬼兽”以压倒性的力量开始攻击人类，城市被摧毁，绝望笼罩着人们，在所有人都快要放弃的时候，有一个影子迎战鬼兽！“你们这些家伙，惹到我了！！”人类面前出现了一丝希望，那竟然是一只鸡！
再び大海原に飛び出した千空達の旅路をお楽しみに‼
薄暮时分，江户城下，百物成妖，千妖成群。长崎屋少爷从小体弱多病，某日溜出门走夜路回家，不意撞上杀人凶手，卷入凶案，少爷当如何躲过劫难，妖怪们能否助少爷一臂之力，揭开案件真相……
内详
自从Toru开始住在Shigo家已经一年了。
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。 欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。 与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。 其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。 正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路—— 围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
