剧集分为八个单元故事，讲述马德钟所演的非常检控观带领一众团队，透过非一般的手法，为受害人寻求公义，带出非常检控观念。
抗战期间，东北赌王于镇海（郑少秋 饰）为了帮助恩师夺回被上海流氓大亨冯敬尧（潘志文 饰）夺走的赌场百乐门，带着手下和恩师的儿子洛天佑来到了上海。于镇海向冯敬尧下了赌桌挑战贴，筹码就是百乐门，冯敬尧虽然心知来着不善，但为了面子还是答应出战。一时上海黑白两道大为紧张，人人都争相想看这场被称为世纪赌局的赌坛对决。同一时间，满腔热血的爱国青年许文强（陈锦鸿 饰）也来到了上海，想要在这里闯出自己的一片天地。出来上海的他偶然结识自小在这里长大的小贩丁力（林家栋 饰），两人结为兄弟，开始一起打天下。在祥贵和交际花方艳云的帮助下，许文强和丁力渐渐在黑道闯出名气，许文强更与于镇海结为莫逆，共同经营剧院。表面平静的上海滩内正酝酿着一场场你死我活的争斗。
萬里的母親唐曹嘉冰半生相夫教子，忽然「覺醒」，由加拿大返港，決心尋回失落時光，更搬入萬里家中。當年嘉冰曾因萬里堅持未婚生下女兒，母女徹底鬧僵，如今嘉冰卻突然無預警殺入及擾亂萬里的生活。萬里力圖維持秩序，唐芯則周旋兩人之間，三代同堂火花四濺，矛盾不斷。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
21世纪特种部队人员项少龙（古天乐 饰）决意要参加穿梭时空的研究，是为了要挽回自己的爱情。但由于时光机的数据出错，把少龙带到了战国时期。
庄天（元华 饰）和董兆匡（张国强 饰）曾经是行业内最最有名的一堆捉妖天师，然而清末民初的一场社会大变革让捉妖师变成了宣扬封建迷信的神棍，无奈之下，两人只得前往广州，在那里寻得了一份警察的差事。虽然不再是捉妖师了，但董兆匡却依然忘记不了昔日的辉煌，他结识了商人阿堂（任世官 饰），阿堂表面上是经营正当生意的商人，实际上却干着贩毒的勾当，董兆匡听信了他的花言巧语，开始利用僵尸来帮助他运毒。董兆匡的徒弟晓东（陈晓东 饰）爱上了阿堂的女儿翠玲（谭小环 饰），然而董兆匡早已经开始打起了翠玲的主意。
