宇文峰（郑少秋 饰）出身武当，勤学苦练，身手了得，学成下山后，宇文峰受到了当时最大的兵器工厂唐门的赏识，门主更是将女儿唐碧（汪明荃 饰）许配他。哪知道唐门突遭不幸，被诬陷勾结外族，落得满门抄斩的下场，而宇文峰则被打入大牢，即将问斩。太监张诚（陈鸿烈 饰）欣赏宇文峰的身手为人，以替他卖命作为条件，救下了宇文峰。那边厢，唐碧死里逃生，之后成为了京城第一大镖局的女当家，丈夫死后，唐碧接管了镖局，并且最终凭借她的智慧和能力获得了周围人的认可。宇文峰加入了锦衣卫，受张诚胁迫，干尽了伤天害理之事，一次偶然中，宇文峰和唐碧重逢了，一段旷世情缘再度拉开帷幕。
尘封的档案被翻开，紧张感扑面而来。当香港真实奇案成为故事蓝本，陈旧的案件是否能被揭开？在追踪线索的路上，能否突破困局，让真相大白于天下？
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
征战PTU一年后，李柏翘（陈键锋 饰）加入冲锋队，而钟立文（吴卓羲 饰）加入特别职务队。两人的行事风格迥异，柏翘接连高升，而立文则总为冲动埋单。台湾坐牢十年的江世孝（苗侨伟 饰）出狱，被进兴老大杜亦天接回香港，准备委以重任。但遭到Laughing哥（谢天华 饰）的不满，处处挑衅。期间，立文为了破获制毒工场，邂逅了盗版妹江悠悠（江若琳 饰），而后者刚好是江世孝失散多年的女儿。在大嫂程若芯（周海媚 饰）的撮合下，父女终于相认。而江世孝也投桃报李为程若芯找到了母亲花姐。花姐之女花若葆在Car1受到李Sir不留情面的责骂。幸好有柏翘劝慰才得以化解，两人暗生情愫。与此同时，立文与悠悠也是假戏真做，一个扮演小公主，一个扮幸运王子。正在此时，立文奉命作进兴卧底，投靠Laughing，后者游走在江世孝与程若芯之间，亦正亦邪……
海关督察浩辉（王喜 饰）负责驻守机场，他在一次行动中成功破获了一起利用人体带毒的大案，深受赞赏。与此同时，海关调查局的另外一组同事在缉拿私烟集团的行动中失手，领队的李督察更是受伤入院。于是上级将表现出色的浩辉调过来担任这组的领队。浩辉刚一上任，沙展叶天华（欧阳震华 饰）就对他的办案手法十分不满，但浩辉并没有受他影响，依然我行我素。这日，海关接到线报上次私烟集团的头目江世仁准备离境潜逃，于是浩辉带领一班部下赶往缉拿。浩辉利用自己的机智成功制服江世仁，天华乘机将他打了一顿。原来，天华的女友死跟他调查私烟集团有关，他曾发誓一定要将私烟集团彻底铲除。江世仁最终被判刑，浩辉在出庭作供时对美丽能干的检察官尚怡（谭小环 饰）产生了好感，对她大加赞赏。浩辉原以为此案终于告一段落，然而天华继续执着于调查幕后主脑以及同事们的劝说，浩辉终于又继续着手调查。一班缉私精英最后能否将幕后黑手绳之于法？
抗战期间，东北赌王于镇海（郑少秋 饰）为了帮助恩师夺回被上海流氓大亨冯敬尧（潘志文 饰）夺走的赌场百乐门，带着手下和恩师的儿子洛天佑来到了上海。于镇海向冯敬尧下了赌桌挑战贴，筹码就是百乐门，冯敬尧虽然心知来着不善，但为了面子还是答应出战。一时上海黑白两道大为紧张，人人都争相想看这场被称为世纪赌局的赌坛对决。同一时间，满腔热血的爱国青年许文强（陈锦鸿 饰）也来到了上海，想要在这里闯出自己的一片天地。出来上海的他偶然结识自小在这里长大的小贩丁力（林家栋 饰），两人结为兄弟，开始一起打天下。在祥贵和交际花方艳云的帮助下，许文强和丁力渐渐在黑道闯出名气，许文强更与于镇海结为莫逆，共同经营剧院。表面平静的上海滩内正酝酿着一场场你死我活的争斗。
