青虫怪利用监视蔬菜精灵的办法偷窥到了很多蔬菜精灵们的秘密，在得意之下他大肆宣扬，放了个大喇叭对着蔬菜园，循环播放自己观察到的秘密嘲笑蔬菜精灵们，蔬菜精灵们很生气，觉得自己的隐私被侵犯了，大家决定主动出击去找青虫怪算账。没过几天，蔬菜精灵们造出了一个空中播放器，他们要以欺人之道还治欺人之身，收集了青虫怪的癖好和隐私在空中播放，而且还会随着导航向其它的青虫居住地飞行，让青虫怪也尝尝隐私被人侵犯的滋味。青虫怪即恼怒又无可奈何，只好躲在贪吃府不出门，蔬菜园又可以维持一段时间的平静了
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
科技发展迅速的2100年，中国现代化城市的一个三口之家。小主角康康由于处于逆反心理的年龄段，喜欢做一些力所不及，又不按常理去做的事情。康康在幼儿园还有一群活泼可爱，聪明伶俐的小伙伴：机器闹钟闹闹、可爱的小宠物蛋挞、博学多才的机器智能狗啰啰。他们有的害羞、含蓄，有的任性、有的高傲、有的欺善怕恶，好勇斗狠。《小康康》以5-12岁儿童为主要收视对象，将儿童生活中遇到的问题和不良习惯编成一个个生动有趣的故事，以寓教于乐的手法培养儿童良好的行为规范，以及探索未知世界，并教会他们关心他人、热爱自然的优秀品质。
