故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
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宅斗争宠撩城主
单集制作成本逾百万，堪称国产动漫大片。 法国戛纳电视节上以10万美元一集的亚洲动画片新纪录，成功打入欧美主流市场。 南非国际影展喜获金奖，成为在此影展获奖的首个亚洲动漫作品。 全剧幽默诙谐，充满想象力。 主题曲：《AOAEO出发》 演唱：李宇春
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
