基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
内详
美丽的蔬菜园里，住着一群可爱的蔬菜精灵，然而在蔬菜园不远的地方，有一个贪吃府，里面住着青虫怪和它的忠实的仆人傻古古。青虫怪是一个科学怪人，他博揽群书，有自己的图书室和实验室，而且聪明贪婪诡计多端。青虫怪喜欢做一些奇怪的实验，经常研制一些神秘的药水，而且他是蔬菜精灵的天敌，最大的爱好就是吃蔬菜，所以一直对蔬菜园的蔬菜精灵们虎视眈眈，想独吞他们。青虫怪经常让自己的仆人傻古古偷偷潜进蔬菜园，得知蔬菜精灵们的行踪和近况，想方设法要吃掉这些可爱的蔬菜精灵。在傻古古提供蔬菜精灵们的情报之后，他总是想出各种办法来接近善良的蔬菜精灵，用各种诡计达到自己目的，但是蔬菜精灵们十分团结，在白菜精灵小翠的带领下大家一起对付青虫怪，一次又一次的挫败青虫怪的种种诡计和阴谋保护了自己和蔬菜园。
本片延续《熊熊帮帮团4》温暖、轻松、愉快的故事风格，从弘扬传统文化，到以“生命教育与自然尊重”为核心故事主题，通过讲述生态守护的故事，构建起立体的自然认知体系。在森林小镇的四季更迭中，小熊大、小熊二、小光头强和小山神团子组成的“熊熊帮帮团”是大家的守护者。“熊熊帮帮团”以守护自然生态为使命，展开了一场关于生命教育与自然尊重的探索之旅。从春天的飞絮治理到冬季的树木保护，帮帮团通过充满智慧与温情的自然事件，带领小镇居民领悟生命的奥秘与自然的法则。本季通过“问题-探索-解决-反思”的故事模式，构建起完整的生态教育闭环：从发现飞絮根源到系统性治理，从误解树木“生病”到认知生长规律，每个危机解决后增设的防护栏、科普牌、生态观察站，都将临时救助升华为长效保护机制。最终在漫天窗花与桂花香中，小镇居民完成从“自然索取者”到“生态守护者”的蜕变，奏响一曲人与自然和谐共生的生命赞歌。
