人類的欲望，可驅使我們超越自我，然而，當欲望失控，過份貪圖金錢與權勢、追求不屬於自己的愛，非份之想被無限放大，一不經意，便陷入道德矛盾的深淵，犯下種種「非份之罪」……新界東重案組接連調查幾宗案件，包括「無臉女屍」、「石棺禁戀」、「一億殺機」、「危險遊戲」、「骯髒的子彈」、「恐怖情人」，錯綜複雜的線索、纏繞不清的關係，構成一樁樁匪夷所思的迷案，揭露觸摸不透的人性黑暗面。
影片由四个带有旧港气息的都市故事组成，分别以伪盲女智斗杀手、狗仔缉凶、黑帮角斗以及职场女性被上司迫害为切口，借黑帮、狗仔文化、霓虹街巷的罪恶等上世纪香港特有社会产物，展现九十年代香港的江湖秩序、娱乐浮华、都市危机与小人物生存百态，构成一幅充满悬疑与时代感的旧港浮世绘。
剧集分为八个单元故事，讲述马德钟所演的非常检控观带领一众团队，透过非一般的手法，为受害人寻求公义，带出非常检控观念。
征战PTU一年后，李柏翘（陈键锋 饰）加入冲锋队，而钟立文（吴卓羲 饰）加入特别职务队。两人的行事风格迥异，柏翘接连高升，而立文则总为冲动埋单。台湾坐牢十年的江世孝（苗侨伟 饰）出狱，被进兴老大杜亦天接回香港，准备委以重任。但遭到Laughing哥（谢天华 饰）的不满，处处挑衅。期间，立文为了破获制毒工场，邂逅了盗版妹江悠悠（江若琳 饰），而后者刚好是江世孝失散多年的女儿。在大嫂程若芯（周海媚 饰）的撮合下，父女终于相认。而江世孝也投桃报李为程若芯找到了母亲花姐。花姐之女花若葆在Car1受到李Sir不留情面的责骂。幸好有柏翘劝慰才得以化解，两人暗生情愫。与此同时，立文与悠悠也是假戏真做，一个扮演小公主，一个扮幸运王子。正在此时，立文奉命作进兴卧底，投靠Laughing，后者游走在江世孝与程若芯之间，亦正亦邪……
三位号称天下第一媒的冰人：“金鹊桥”——全家福（马浚伟 饰）、“金葵扇”——连百合（张可颐 饰）、官媒令狐喜（盖鸣晖 饰）有了聚首的机会，因为长安大名鼎鼎的林家招女婿，而出身世家的神捕高裴（陈豪 饰）成了他们争夺的对象。令狐喜原本以为自己与高裴认识便成功机会大增。但原来高裴已经心有所属了，对象便是女扮男装的令狐喜。令狐喜为了家族，又怕犯欺君大罪，只好一直收藏自己的情感。至于家福与百合，一番相斗之后决定开设了一家名叫“一线牵”的大型冰人馆。怎料开张当天，发现了一个事关双方幸福的秘密……
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
海关督察浩辉（王喜 饰）负责驻守机场，他在一次行动中成功破获了一起利用人体带毒的大案，深受赞赏。与此同时，海关调查局的另外一组同事在缉拿私烟集团的行动中失手，领队的李督察更是受伤入院。于是上级将表现出色的浩辉调过来担任这组的领队。浩辉刚一上任，沙展叶天华（欧阳震华 饰）就对他的办案手法十分不满，但浩辉并没有受他影响，依然我行我素。这日，海关接到线报上次私烟集团的头目江世仁准备离境潜逃，于是浩辉带领一班部下赶往缉拿。浩辉利用自己的机智成功制服江世仁，天华乘机将他打了一顿。原来，天华的女友死跟他调查私烟集团有关，他曾发誓一定要将私烟集团彻底铲除。江世仁最终被判刑，浩辉在出庭作供时对美丽能干的检察官尚怡（谭小环 饰）产生了好感，对她大加赞赏。浩辉原以为此案终于告一段落，然而天华继续执着于调查幕后主脑以及同事们的劝说，浩辉终于又继续着手调查。一班缉私精英最后能否将幕后黑手绳之于法？
尘封的档案被翻开，紧张感扑面而来。当香港真实奇案成为故事蓝本，陈旧的案件是否能被揭开？在追踪线索的路上，能否突破困局，让真相大白于天下？
