斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
在遥远的上古时期，拥有神秘力量的“东皇钟”被秘密封存，一分为四放于四处遗迹。如今，邪恶组织“猎影团”企图集齐神钟以掌控世界。为阻止这场浩劫，天才神探诸葛九九临危受命。她将携手两位性格迥异的伙伴——胶布与幽灵，组成精英夺宝小队，与猎影团展开一场横跨全球的夺宝竞速。从变异丛生的幽灵岛到黄沙漫天的沙漠金字塔，再到暗流涌动的都市舞会，他们必须破解千年机关，甩开致命追击，抢先集齐四块神器碎片，守护世界的和平。
为复活爱宠菜包，猪猪侠在天才博士的协助下，研发出可承载宠物意识的仿生机器人，并将这项陪伴技术推向全社会。此举遭到超人强、菲菲、波比和小呆呆的集体反对，但猪猪侠依旧执意行动，更试图回到过去升级初代机器人、弥补技术缺陷。不料时空传送失控，他意外坠入未来，亲眼见证世界被失控的机器宠物统治。这些黑化的机械生命体，皆是曾经被人类虐待、遗弃的陪伴机器人。在未来菜包机器人与伙伴们的牺牲守护下，猪猪侠逃回现在欲阻止一切，却发现大BOSS原型机已失踪。未来的阴影，已潜伏当下。
青虫怪利用监视蔬菜精灵的办法偷窥到了很多蔬菜精灵们的秘密，在得意之下他大肆宣扬，放了个大喇叭对着蔬菜园，循环播放自己观察到的秘密嘲笑蔬菜精灵们，蔬菜精灵们很生气，觉得自己的隐私被侵犯了，大家决定主动出击去找青虫怪算账。没过几天，蔬菜精灵们造出了一个空中播放器，他们要以欺人之道还治欺人之身，收集了青虫怪的癖好和隐私在空中播放，而且还会随着导航向其它的青虫居住地飞行，让青虫怪也尝尝隐私被人侵犯的滋味。青虫怪即恼怒又无可奈何，只好躲在贪吃府不出门，蔬菜园又可以维持一段时间的平静了。
讲述了五只古灵精怪的“彩虹萌兔”每天都会到不同的地方尝试各种新生活，神经大条的它们在新环境中依旧能自娱自乐，但由此也引发了一系列爆笑“囧事”。
本片根据张乐平先生同名漫画《三毛从军记》改编而成。 在战争时期，无家可归的三毛参了军。新兵训练开始，矮小的三毛穿着“巨大”的军服站在队列中，显得十分滑稽。军营的生活让三毛一时不能适应，还有一些人故意捉弄三毛，让三毛闹出了许多笑话。但是，三毛凭借自己的机智、勇敢，努力地在部队中生存了下去。三毛做过勤务兵、炊事兵，做事十分勤奋，但也常常好心办坏事，好在部队中有很多善良的人帮助他，克服难关。 作战期间，三毛虽然个子小，但是有勇有谋。歪打正着，虽然闹了些笑话，出了些洋相，但在紧急关头，却也立了大功，成了小英雄。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
西海龙宫三太子敖烈被困龙咒化为白马，被迫跟随唐僧西行取经。途经女儿国时，师徒遭袭，只剩敖烈与唐僧逃离生天。可是，唐僧失忆，敖烈遭暗算化身萌娃！为破咒化龙，敖烈机智认唐僧为父，这对“假父子”开始闯荡女儿国奇遇之旅……
我就是最强神王！
