宇文峰（郑少秋 饰）出身武当，勤学苦练，身手了得，学成下山后，宇文峰受到了当时最大的兵器工厂唐门的赏识，门主更是将女儿唐碧（汪明荃 饰）许配他。哪知道唐门突遭不幸，被诬陷勾结外族，落得满门抄斩的下场，而宇文峰则被打入大牢，即将问斩。太监张诚（陈鸿烈 饰）欣赏宇文峰的身手为人，以替他卖命作为条件，救下了宇文峰。那边厢，唐碧死里逃生，之后成为了京城第一大镖局的女当家，丈夫死后，唐碧接管了镖局，并且最终凭借她的智慧和能力获得了周围人的认可。宇文峰加入了锦衣卫，受张诚胁迫，干尽了伤天害理之事，一次偶然中，宇文峰和唐碧重逢了，一段旷世情缘再度拉开帷幕。
反黑组高级督察国锋（郭晋安 饰）为人正义、铁面无私，本来有一个其乐融融的家庭。不料却因整日忙于工作疏于照顾家庭而导致妻子阿玲和从美国回来的前男友阿John复合，离婚时国锋誓要取得儿子谦仔的抚养权。无奈下阿玲只得告知国锋真相，谦仔原来是她和前男友的儿子，于此同时谦仔得十分古怪的血液病，国锋无奈之下只好答应让谦仔跟阿John和阿玲移民美国去治病。国锋多年前曾亲手将自己的好友阿庭逮捕归案，阿庭别无所求，只求阿峰在他坐牢期间帮忙照顾他的女友阿兰（刘雅丽 饰）。阿兰经营着一间酒吧，由此经常有些麻烦，国锋次次都出面帮她解决。新调来的美女同事雅丽（袁洁莹 饰）误认为国锋因为阿兰才抛妻弃子，故对他一直看不顺眼。国锋的好友兼同事家荣（张家辉 饰）喜欢上了雅丽，三人在合作过程不时擦出火花。他们能否顺利处理好工作上、感情上的矛盾？
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
尘封的档案被翻开，紧张感扑面而来。当香港真实奇案成为故事蓝本，陈旧的案件是否能被揭开？在追踪线索的路上，能否突破困局，让真相大白于天下？
法政先锋们的故事还在继续，这次的主角是法证部的高级化验师布国栋（黎耀祥 饰）。号称“人肉百科全书”的国栋知识渊博，且一直不断学习，他与法医科高级医生钟学心（张可颐 饰）既是事业上的伙伴，又是生活中的好友，共同研究工作上的疑难杂事，又互相倾诉生活中的困扰。学心的好友凌倩儿（徐子珊 饰）任职于西龙九重案组，作为高级督察的她，身手了得，和警长李展风（吴卓羲 饰）是好拍档。法医部、警界等因为各类案件而经常需要合作，而正是在他们的联努力下，一起起棘手的案件被侦破。 布国栋和妻子周奕霏（胡定欣 饰）因为观念不和，最终以离婚收场，而他与学心的感情也与日俱增，学心童年悲惨的经历让他们把目光投向了新的案件上……
