在风景秀丽，气候宜人的王冠市，即将举行神奇宝贝足篮世界杯比赛，届时，大批的观众和训练师会涌入此处，整个城市将会陷入一片欢乐的海洋之中。小智（松本梨香 配音）一行人正在前往王冠市的路上，旅途中，他们遇见了名为索罗亚的神秘神奇宝贝，它不仅能够幻化成人类的姿态，还能够通过心电感应和人类交流。 小智和索罗亚结伴前行，哪知道王冠市竟然发生了神奇宝贝暴动事件，雷公、炎帝和水君本是城市的守护神，却不知为何向市民们发起了进攻，城市之中一片混乱景象。这一切的始作俑者是名为克林克斯（阵内孝则 配音）的企业家，而他亦是索罗亚想要寻找的同伴。
海蟹游客与泽西海岸的陆蟹镇居民发生冲突。
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浩瀚的太空，飞行员约翰突遇意外事件，被宇航船抛出，陷入一个奇异的星际轨道。他穿梭1000个星系到达了一个神秘的星球，那里漂浮着地球传说中遥远的“摩亚方舟”飞船，飞船里有来自不同星球的成员，他们都是无家可归的人。约翰决定加入他们，并带领大家寻找地球道路但他们不曾料到，众多 的外星人和外星生物早已对地球航线虎视耽耽。 在飞行过程中，“摩亚”遇到了“和平卫士”的追击，双方数次激战，在一次混战中，“和平卫士”首脑克瑞斯痛失弟弟，发誓要用尽一切手段将“摩亚”摧毁变成一屡轻烟与此同时，“摩亚”水晶能量器忽然失踪，约翰断定是内奸所为，决定展开锄奸行动......经过多次交锋，“摩亚”粉碎了克瑞斯阴谋，逃出生天。 因核反应堆动力装置破裂。“摩亚”降落在西卡行星上进行紧急维修。无意中，约翰发现了飞船上隐匿已久的危机和一个重大的阴谋...... 约翰经过一次次战斗的洗礼，逐渐成为一个真正的领袖，而“摩亚”也慢慢聚集了巨大的能量，击退了外星战舰的数次围攻，“摩亚”战士们一步步向地球前进......约翰终于找到了回地球的航线，并成功降落到地球，然而，此时的地球已不再是他们心目中理想的家园......
在万恶的魔界，恶魔阿萨谢尔（小野坂昌也 配音）与旧相识阿摩（玄田哲章 配音）聊天。对方拥有一颗传说中可带来不幸的玛丽•安托瓦内特的宝石，言语间透着骄傲和自豪，进而嘲笑被恶魔侦探芥边（浪川大辅 配音）百般嘲笑和支使的阿萨谢尔。就在此时，郁闷的阿萨谢尔被召唤到人间，召唤者正是芥边的助手佐隈玲子（佐藤利奈 配音）。为了熟悉召唤恶魔的技巧，她一次次练习，谁知这次出错竟然召唤来高傲邪恶的阿摩。虽然模样大变，但是阿摩不改狂野本性，对玲子展开百般欺凌…
前朝公主镜折将自己心爱的青罗伞送至念物阁珍藏，临行前她希望青罗伞可以陪伴着前朝将军的黑玉剑。青罗伞的物灵青黛为实现主人的愿望，在念物阁寻找到黑玉剑的物灵忘归。而忘归却一心想为前主人报仇，找到机会逃出了念物阁。为了阻止忘归再次在人间挑起战争，青黛与天才工匠少年墨阳一起踏上了寻找忘归的路。一路上惊险重重，在一人一物灵的通力合作下，最终他们成功让忘归放弃仇恨，并且阻止了念物阁一场前所未有的危机。然而，他们也付出了巨大的代价......
影片讲述了七只皇家御蛋被弑天法师掳走，意外落入年轻的实习造型师阿泰手中，被迫成为“护蛋使者”的阿泰由此与萌娃们共同踏上充满挑战的归家之路的故事。
三年前的8月31日，“侵略者”巨大的母舰突如其来地降临在东京，眼看这个世界即将迎来末日。 自此之后，绝望渐渐地融入了日常生活；大大的飞碟盘旋于空中，今天也依然不变地持续环绕着世界。而在还没有来到世界末日的此刻，小山门出、中川凰兰这两个高中女生的青春时代才正要展开。
又一年的夏天来临，在九能带刀（鈴置洋孝 饰）的倡议下，天道道场的伙伴们决定结伴出海旅行，谁知航行中遭遇风暴，众人最终流落孤岛。由于乱马（山口勝平 饰）和八宝斋（永井一郎 饰）的打闹，游艇的修缮工作遥遥无期。正在这时，小霞姐姐神秘失踪，最后连珊璞（佐久間レイ 饰）、小靡、右京也不见踪影。在她们失踪的现场，全部留下一只桃子。背后黑手原来是桃幻乡的幻术王子桃磨，来到小岛上的所有女孩都被掳走成为他的新娘候补。为了夺回亲人和爱侣，乱马他们注定要面临一场恶战…… 本片根据高桥留美子的漫画《乱马1/2》改编，系该动画的剧场版。
